▍01 關(guān)于 ProtiFi

ProtiFi 是一家致力于將組學(xué)技術(shù)推向臨床應(yīng)用轉(zhuǎn)化階段的生物科技公司，長(zhǎng)期專注于組學(xué)樣品制備和處理技術(shù)的研究。組學(xué)作為一類對(duì)生物分子群體進(jìn)行整體分析的科學(xué)手段，涵蓋基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、糖組學(xué)、代謝組學(xué)及脂質(zhì)組學(xué)等重要方向；ProtiFi 圍繞這些方向，開發(fā)了一系列用于樣品收集、制備、流程控制、色譜分析以及數(shù)據(jù)解析的工具和系統(tǒng)。

在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中，樣品制備環(huán)節(jié)往往是導(dǎo)致整體數(shù)據(jù)變異的關(guān)鍵因素之一。由于蛋白質(zhì)本身具有多樣的溶解特性，且其在收集、存儲(chǔ)與處理過程中可能持續(xù)發(fā)生變化，傳統(tǒng)樣品處理方法常常面臨重復(fù)性不足的困擾。ProtiFi 針對(duì)這一行業(yè)共性難題，構(gòu)建了以 S-Trap 為核心的技術(shù)矩陣，并逐步拓展至多組學(xué)樣品同步處理、蛋白酶開發(fā)以及數(shù)據(jù)可視化等多個(gè)維度，形成了覆蓋"樣品制備—酶解—數(shù)據(jù)分析"的完整解決方案。

ProtiFi 的產(chǎn)品已被應(yīng)用于研究機(jī)構(gòu)和制藥企業(yè)的日常實(shí)驗(yàn)中。數(shù)以千計(jì)的研究文獻(xiàn)引用了 ProtiFi 的樣品制備技術(shù)，體現(xiàn)出其在組學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用廣度。

▍02 核心優(yōu)勢(shì)

? 通用型樣品制備流程

ProtiFi 的 S-Trap 技術(shù)采用強(qiáng)變性條件處理樣品，提供了一套可通用于各類樣品的制備方案。無(wú)論是骨組織中的高疏水性蛋白，還是血液中的水溶性蛋白，均可使用同一套流程進(jìn)行處理，無(wú)需針對(duì)不同樣品類型反復(fù)摸索條件。

? 重復(fù)性與回收率表現(xiàn)穩(wěn)定

S-Trap 技術(shù)在蛋白質(zhì)鑒定數(shù)量、定量重復(fù)性方面均有良好表現(xiàn)。相關(guān)研究比較了溶液內(nèi)酶解、FASP 以及 S-Trap 等多種酶解方法，結(jié)果表明 S-Trap 在蛋白質(zhì)鑒定數(shù)量和定量重復(fù)性上均展現(xiàn)出穩(wěn)定的性能。

? 兼容自動(dòng)化平臺(tái)

S-Trap 96 孔板形式可兼容 Tecan A200 正壓工作站、安捷倫 Bravo 等多種自動(dòng)化平臺(tái)，滿足高通量組學(xué)樣品制備需求。ProtiFi 與 Tecan 合作開發(fā)的自動(dòng)化流程，進(jìn)一步提升了樣品處理的規(guī)范程度。

? 單樣品多組學(xué)同步處理

Si-Trap 技術(shù)支持從單個(gè)樣品中同步獲取蛋白質(zhì)、代謝物、脂質(zhì)、核酸、糖鏈等多類生物分子的分析組分，為多組學(xué)研究提供了統(tǒng)一的樣品制備入口。

? 酶解時(shí)間顯著縮短

Tryp-N 作為一種熱穩(wěn)定性酶，可在數(shù)分鐘至數(shù)小時(shí)內(nèi)完成蛋白質(zhì)酶解，替代傳統(tǒng)的過夜酶解步驟，縮短實(shí)驗(yàn)周期。

▍03 熱門產(chǎn)品介紹

▍產(chǎn)品一：S-Trap 樣品制備產(chǎn)品

◎ 產(chǎn)品品名：S-Trap Micro Kit、S-Trap Micro Spin Columns、S-Trap 96-well Micro Plates、S-Trap Turbo 96-well Mini Plates

◎ 產(chǎn)品特點(diǎn)：S-Trap 樣品制備產(chǎn)品采用離心柱或 96 孔板形式供應(yīng)，提供含預(yù)制緩沖液的全套試劑盒形式，兼顧操作便利性、最短準(zhǔn)備時(shí)間與最高重復(fù)性。該技術(shù)使得在蛋白質(zhì)組學(xué)樣品制備中使用 SDS 等強(qiáng)變性劑成為可能，并能去除鹽類、去污劑和緩沖液等污染物。其中，S-Trap Turbo 版本進(jìn)一步縮短了蛋白質(zhì)組學(xué)樣品制備的總處理時(shí)間；96 孔板版本兼容多種自動(dòng)化平臺(tái)。

◎ 存儲(chǔ)條件：2-8℃ 保存。

◎ 工作原理：S-Trap 工作流程始于使用強(qiáng)去污劑對(duì)樣品進(jìn)行裂解和溶解，繼以酸化至 pH 1 以進(jìn)一步變性蛋白質(zhì)并消除酶活性，隨后使用高濃度有機(jī)溶劑處理樣品，最后進(jìn)行酶解反應(yīng)。整套流程不依賴于樣品類型，可從骨組織、血液、腦組織的樣品中均可使用同一套流程進(jìn)行處理。

◎ 使用方法：

1. 使用含強(qiáng)去污劑的裂解緩沖液對(duì)樣品進(jìn)行裂解和蛋白溶解；

2. 將樣品酸化至 pH 1，進(jìn)一步變性蛋白質(zhì)；

3. 加入高濃度有機(jī)溶劑，將樣品加載至 S-Trap 離心柱或 96 孔板中；

4. 通過離心或正壓驅(qū)動(dòng)，使蛋白質(zhì)被困于 S-Trap 介質(zhì)中，洗滌去除去污劑、鹽類等污染物；

5. 加入蛋白酶進(jìn)行酶解；

6. 洗脫肽段，用于下游質(zhì)譜分析。

▍產(chǎn)品二：Si-Trap 多組學(xué)樣品制備產(chǎn)品

◎ 產(chǎn)品品名：Si-Trap

◎ 產(chǎn)品特點(diǎn)：Si-Trap 在 S-Trap 的基礎(chǔ)上進(jìn)行了優(yōu)化，專為多組學(xué)樣品制備而設(shè)計(jì)。它支持從單個(gè)樣品中產(chǎn)出多組學(xué)分析所需的多個(gè)組分。研究表明，使用 MCF7 乳腺癌細(xì)胞進(jìn)行評(píng)測(cè)時(shí)，Si-Trap 在全局蛋白質(zhì)組、磷酸化蛋白質(zhì)組和氨酸磷酸化蛋白質(zhì)組分析中識(shí)別的蛋白質(zhì)數(shù)量均較尿素法更多；在代謝組學(xué)方面，正離子模式下 Si-Trap 檢測(cè)到 81 種代謝物，與標(biāo)準(zhǔn)工作流程持平，負(fù)離子模式下檢測(cè)到 83 種代謝物，接近標(biāo)準(zhǔn)方法的 85 種。這意味著 Si-Trap 在提供更強(qiáng)的蛋白質(zhì)組學(xué)深度的同時(shí)，保留了較廣的代謝物檢測(cè)覆蓋度。

◎ 存儲(chǔ)條件：具體存儲(chǔ)條件請(qǐng)以產(chǎn)品隨附說明書為準(zhǔn)。

◎ 工作原理：Si-Trap 建立在 S-Trap 技術(shù)的高效性基礎(chǔ)上，通過對(duì)單個(gè)樣品進(jìn)行同步處理，分離并捕獲蛋白質(zhì)、代謝物、脂質(zhì)、核酸、糖鏈等多類生物分子，使研究人員可以從一次樣品制備中獲得多組學(xué)分析所需的多個(gè)組分。

◎ 使用方法：

1. 使用 Si-Trap 專用流程對(duì)單個(gè)生物樣品進(jìn)行同步處理；

2. 按照流程依次獲取蛋白質(zhì)、代謝物、脂質(zhì)等組分；

3. 各組分分別進(jìn)入對(duì)應(yīng)的下游分析流程（如質(zhì)譜分析等）；

4. 整合多組學(xué)數(shù)據(jù)，獲得更全面的生物學(xué)見解。

▍產(chǎn)品三：Tryp-N 蛋白酶

◎ 產(chǎn)品品名：Tryp-N

◎ 產(chǎn)品特點(diǎn)：Tryp-N 是一種經(jīng)過工程化改造的熱穩(wěn)定性金屬蛋白酶，可對(duì)氨酸和賴氨酸的 N 端進(jìn)行特異性切割。在單克隆抗體肽圖分析中，Tryp-N 表現(xiàn)出與蛋白酶相當(dāng)或更優(yōu)的序列覆蓋率，并提供互補(bǔ)的片段化模式——蛋白酶肽段通常具有強(qiáng)烈的 y 離子系列，而 Tryp-N 則產(chǎn)生強(qiáng)烈的 b 離子，這種正交性在確定修飾位點(diǎn)（如脫酰胺、氧化或單氨基酸變異）時(shí)尤為有用。研究顯示，對(duì)于單抗，Tryp-N 實(shí)現(xiàn)了重鏈和輕鏈 100% 的序列覆蓋率；與蛋白酶相比，Tryp-N 生成的肽段-譜圖匹配數(shù)量有所增加（單抗增加 59%、NISTmAb 增加 35%、西妥昔單抗增加 8%、貝伐珠單抗增加 7%）。

◎ 存儲(chǔ)條件：具體存儲(chǔ)條件請(qǐng)以產(chǎn)品隨附說明書為準(zhǔn)。

◎ 工作原理：Tryp-N 作為一種熱嗜性酶，在數(shù)分鐘至數(shù)小時(shí)的時(shí)間內(nèi)即可完成蛋白質(zhì)消化，而不再需要傳統(tǒng)的過夜酶解。它與蛋白酶均在 K/R 位點(diǎn)切割，但切割方向相對(duì)，從而產(chǎn)生互補(bǔ)的片段化模式，為質(zhì)譜分析提供正交的證據(jù)支持。

◎ 使用方法：

1. 將待酶解的蛋白樣品制備好后，加入 Tryp-N 蛋白酶；

2. 在適宜溫度下孵育數(shù)分鐘至數(shù)小時(shí)；

3. 酶解完成后，獲取肽段用于 LC-MS 分析；

4. 如需進(jìn)一步提高序列覆蓋率或修飾位點(diǎn)定位的可信度，可將 Tryp-N 與蛋白酶聯(lián)合使用。

▍04 解決的實(shí)驗(yàn)問題

? 蛋白質(zhì)溶解度差異導(dǎo)致的處理難題：蛋白質(zhì)的溶解特性各異，傳統(tǒng)方法難以用流程處理不同類型的樣品。S-Trap 使用強(qiáng)去污劑可溶解各類樣品（包括整只小鼠心臟在內(nèi)的組織），并用流程處理骨、血、腦等不同來源樣品，從而獲得一致的處理結(jié)果。

? 樣品制備變異性過大：據(jù)公開研究報(bào)道，樣品制備環(huán)節(jié)可能導(dǎo)致蛋白質(zhì)組學(xué)中高達(dá) 75% 的整體變異性。ProtiFi 的解決方案將樣品制備的數(shù)據(jù)變異性降低至 10% 以下，提升了數(shù)據(jù)的可靠性。

? 去污劑干擾質(zhì)譜分析：在制備哺乳動(dòng)物細(xì)胞生物反應(yīng)器上清液等樣品時(shí)，培養(yǎng)介質(zhì)中常含有與質(zhì)譜蛋白質(zhì)組學(xué)不相容的聚合物表面活性劑（如 Pluronic F68），必須在樣品制備過程中清除。S-Trap 可大幅降低或消除此類聚合物，提供潔凈的樣品。

? 多組學(xué)研究的樣品分割困境：傳統(tǒng)多組學(xué)工作流需將樣品分割或順序切片，再分別進(jìn)行處理，既繁瑣又可能引入偏差。Si-Trap 允許從單個(gè)樣品Workflow中獲取高質(zhì)量的代謝組和蛋白質(zhì)組組分，省去了樣品分割的麻煩。

? 酶解耗時(shí)過長(zhǎng)：傳統(tǒng)蛋白酶酶解通常需要過夜。Tryp-N 將酶解時(shí)間縮短至數(shù)分鐘至數(shù)小時(shí)，加快了整個(gè)蛋白質(zhì)組學(xué)分析的節(jié)奏，同時(shí)也提升了磷酸肽的回收率。

? 單克隆抗體肽圖分析的復(fù)雜性：在生物類似藥可比性、序列確認(rèn)、多屬性方法工作流、翻譯后修飾定位以及低水平變異分析中，Tryp-N 可作為蛋白酶的"鏡像蛋白酶"，提供互補(bǔ)的正交證據(jù)，有助于在譜圖復(fù)雜的情況下準(zhǔn)確定位修飾位點(diǎn)。

▍05 購(gòu)買疑問與解答

Q1：ProtiFi 產(chǎn)品通過什么渠道購(gòu)買？

A：上海起發(fā)實(shí)驗(yàn)試劑有限公司是 ProtiFi 的特約代理經(jīng)銷商，可通過上海起發(fā)實(shí)驗(yàn)試劑有限公司采購(gòu) ProtiFi 全系產(chǎn)品，包括 S-Trap 系列、Si-Trap、Tryp-N 以及 SimpliFi 數(shù)據(jù)可視化平臺(tái)的相關(guān)服務(wù)。

Q2：S-Trap 產(chǎn)品有哪些規(guī)格可選？

A：S-Trap 提供多種規(guī)格與形式，包括 S-Trap Micro Kit（適用于 ≤100 µg 樣品）、S-Trap Micro Spin Columns、S-Trap 96-well Micro Plates 以及 S-Trap Turbo 96-well Mini Plates，可滿足從常規(guī)科研到高通量自動(dòng)化制備的不同需求。

Q3：S-Trap 產(chǎn)品如何保存？

A：S-Trap 通用蛋白質(zhì)組學(xué)樣品制備試劑盒的保存條件為 2-8℃。其他產(chǎn)品的具體存儲(chǔ)條件請(qǐng)以產(chǎn)品隨附說明書為準(zhǔn)。

Q4：S-Trap 是否兼容自動(dòng)化設(shè)備？

A：S-Trap 96 孔板形式可兼容 Tecan A200 正壓工作站、安捷倫 Bravo 等多種自動(dòng)化平臺(tái)。ProtiFi 與 Tecan 合作開發(fā)的自動(dòng)化流程，可實(shí)現(xiàn)緊湊型臺(tái)式樣品制備，保證流程的重復(fù)性和一致性。

Q5：Tryp-N 與蛋白酶有何區(qū)別？

A：Tryp-N 和蛋白酶均在 K/R 位點(diǎn)切割，但切割方向相對(duì)——蛋白酶肽段通常具有強(qiáng)烈的 y 離子系列，而 Tryp-N 則產(chǎn)生強(qiáng)烈的 b 離子。這種互補(bǔ)的片段化模式在確定修飾位點(diǎn)（如脫酰胺、氧化或單氨基酸變異）時(shí)尤為有用，兩者聯(lián)合使用可進(jìn)一步提高序列覆蓋率。

Q6：Si-Trap 是否真的能從單個(gè)樣品中獲取多組學(xué)數(shù)據(jù)？

A：是的。Si-Trap 支持從單個(gè)樣品Workflow中產(chǎn)出蛋白質(zhì)、代謝物、脂質(zhì)、核酸、糖鏈等多類生物分子的分析組分。評(píng)測(cè)數(shù)據(jù)顯示，Si-Trap 在提供更多蛋白質(zhì)鑒定的同時(shí)，代謝物檢測(cè)覆蓋度與標(biāo)準(zhǔn)工作流程相當(dāng)。

Q7：ProtiFi 產(chǎn)品是否可用于臨床診斷？

A：ProtiFi 產(chǎn)品用于科學(xué)研究，不可用于人體，不可用于診斷或治療。

Q8：SimpliFi 數(shù)據(jù)平臺(tái)如何使用？

A：SimpliFi 是一個(gè)瀏覽器可訪問的在線平臺(tái)，接受并整合來自任意方法的各類組學(xué)數(shù)據(jù)，將其提煉為干凈的交互式展示，并可一鍵導(dǎo)出。用戶無(wú)需深厚的組學(xué)背景即可探索并可視化數(shù)據(jù)，理解生物狀態(tài)并形成假設(shè)。

Q9：使用 S-Trap 是否需要改變現(xiàn)有的裂解緩沖液配方？

A：不需要。S-Trap 兼容 SDS、尿素、NP-40、RIPA、SDT 等多種裂解緩沖液，研究人員可延續(xù)原有的樣品裂解習(xí)慣，無(wú)需重新建立裂解流程。

Q10：上海起發(fā)實(shí)驗(yàn)試劑有限公司能提供哪些服務(wù)？

A：作為 ProtiFi 特約代理經(jīng)銷商，上海起發(fā)實(shí)驗(yàn)試劑有限公司可提供 ProtiFi 品牌產(chǎn)品的銷售、技術(shù)支持與售后服務(wù)，協(xié)助用戶完成產(chǎn)品選型、訂購(gòu)及使用咨詢。

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（注：本文內(nèi)容基于品牌公開資料及行業(yè)常規(guī)信息整理，具體以品牌信息文檔為準(zhǔn)。）

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